La seconda coltura starter più popolare e utilizzata dopo il tipo mesofilo è quella dei batteri termofili. Hanno una serie di caratteristiche di utilizzo e procedure di produzione.
A differenza dei più comuni fermenti mesofili, che vengono aggiunti al latte riscaldato a 25-30 gradi Celsius, i termofili “tollerano” 30-40 gradi e oltre. La minore suscettibilità alle condizioni di temperatura rende quest'ultimo tipo di ingrediente caseario indispensabile nella produzione dei cosiddetti formaggi estratti, molto diffusi in Italia, nonché delle varietà da riscaldare. Questi includono le varietà "Mozzarella", "Provolone", "Romano" e varie varietà tradizionalmente prodotte in Svizzera.
I principali ceppi di batteri utilizzati nella preparazione degli starter termofili sono Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii ssp.bulbaricus e Lactobacillus helveticus. Sopravvivono e interagiscono bene con il latte a temperature fino a 65 gradi Celsius. A temperatura più bassa non è esclusa la miscelazione di colture starter termofile con quelle mesafile.
Se vuoi fare un semplice formaggio fatto in casa o una versione semidura come il "Gouda", semplicemente non hai bisogno di fermenti lattici termofili. Lo stesso vale per le varietà con diversi tipi di muffa: bianca, blu, verde o rosso-arancio. In questo caso, dovrai solo acquistare una normale coltura di avviamento mesofila.